Ngày 24 tháng 1 năm 1959, Bộ Quốc phòng ra Nghị định số 320- NĐ thành lập Cục Hải quân trên cơ sở Cục Phòng thủ bờ bể. Cơ quan Cục Hải quân có năm phòng gồm: Phòng Tham mưu, Phòng Chính trị, Phòng Hậu cần, Phòng Công trình và Phòng Đo đạc biển. Phát triển từ Phòng Tham mưu (năm 1959), Cục Tham mưu (năm 1964), Bộ Tham mưu kiêm Quân khu Đông Bắc (năm 1967) và chính thức mang tên Bộ Tham mưu Hải quân từ năm 1970 đến nay.[2]